中国科学技术大学数学系1958年由华罗庚创办并任首任系主任，吴文俊、关肇直、冯康、龚昇、王元、万哲先、陆启铿、石钟慈、林群、张景中等一大批知名专家曾在此任教。1978年中国科学院成立了中国科学技术大学数学研究所。
中国科学院2011年以中科大数学所为基础组建了中科院吴文俊数学重点实验室。吴文俊数学重点实验室的定位是在核心数学的若干方向开展工作，取得重要成果并推动学科交叉;以基础研究为主，带动和促进相关应用研究;以实验室为平台，提升基础数学的研究水平和人才培养能力。实验室的建设目标是：凝聚力量，不断做出原始创新工作，建成有国际影响的研究中心、学术交流中心和培养一流数学人才的平台。
华罗庚和吴文俊等的工作对于中国和世界的数学影响深远。华罗庚曾寄语科大学子“聪明在于勤奋，天才在于积累”。吴文俊题词“祝中国科大为中国数学成为强国贡献巨大力量”。实验室将努力发扬光大老一辈科学家的学术思想与创新精神，延续科大数学辉煌的历史。
实验室凝聚了一批优秀的青年学者，在动力系统、数学物理、几何与分析、代数与数论等方向开展工作并取得了一系列具有国际影响力的科研成果。
研究人员现有教授18名、副教授17名。其中***计划3名、国家***3名、教育部***2名、中科院***计划3名。
