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科学工程计算教育部重点实验室是在上海交通大学数学系的基础之上，2011年12月经教育部科技司批准筹建，2012年4.24日-25日正式召开了建设计划论证会暨第一次学术委员会议。现任实验室主任是中组部***计划获得者，上海交通大学致远讲席教授金石教授，学术委员会主任由中国科学院院士鄂维南教授担任。
实验室的研究定位是聚焦与国民经济和社会发展密切相关的如生命科学、等离子体，航天航空、大飞机制造重大工程设计等科学问题，建立新的数学框架，创建新的计算模型与方法，从而为这些领域的深入发展提供重要的科学计算理论基础和相应的计算平台。凝聚和培养一支具有国际竞争力的创新研究队伍，力争使实验室建设成为具有重要国际影响的研究中心和***人才的培养基地，建设成一流的国际性研究与交流平台、一流***和培养平台。
科学工程计算"教育重点实验室的主要研究方向将集中在：1)生物科学中的网络动力学问题，2)科学与工程中多尺度输运问题建模与计算，3)多尺度输运的数学理论，4)科学与工程中前沿问题的高效计算平台等四个方面。
实验室非常重视人才队伍建设，并用策和管理使一批基础扎实，思路活跃，极富朝气和创造力的科技人才集聚重点实验室。实验室现有固定人员46人，其中，正高职称29人。实验室团队成员汇集了十余位来自世界著名大学的顶尖学者和优秀中青年学者，其中国家***计划5名，上海市***计划2名，上海交通大学冠名讲席教授7名，国家***基金获得者5名，"***"特聘教授3名，讲座教授2名;首届高校优秀青年教师教学科研奖励计划获得者1名;教育部新世纪人才8名;上海市优秀学科带头人1名，上海市教委曙光学者2名，上海市科委科技启明星3名等优秀人才。
目前，实验室实行了自主课题和开放课题制度，经基本科研经费和30%的开放运行费用于设立自主课题和开放课题，课题部署紧密围绕国家的重大需求和学科发展的前沿，加强对基础性和创新性研究方面支持力度，每年设置5-6个自主研究课题，开放项目周期一般为1-2年。同时，实验室设立国际交流基金，专门用于邀请国外著名学者来实验室讲学和合作研究，用于资助实验室成员主办国际会议，学术研讨会等。
实验室本着开放、流动、联合和竞争的运行机制,竭诚欢迎国内外从事本学科领域工作的学者和专家来室开展合作研究，尤其欢迎创新课题的探索研究，欢迎各位实验室成员积极申请实验室各项自主课题、开放课题及国际交流基金。
